微波殺菌為什么會有如此神奇的作用呢？了解一下微波殺菌的機理就會明白，微波是指頻率３００兆赫至３００千兆赫的電磁波， 在微波電磁場作用下，介質(zhì)中的極性分子從原來的熱運動狀態(tài)轉(zhuǎn)為跟隨微波電磁場的交變而排列取向，例如，采用的微波頻率為２４５０兆赫，就會出現(xiàn)每秒２４億5千萬次交變，產(chǎn)生激烈的磨擦而生熱。在這一微觀過程中，微波能量轉(zhuǎn)化為介質(zhì)內(nèi)的熱能，使介質(zhì)溫度呈現(xiàn)為宏觀上的升高。
       微波具有熱效應(yīng)和非熱效應(yīng)雙重殺菌作用。微波熱效應(yīng)殺菌機理的簡述是：生物細(xì)胞是由水、蛋白質(zhì)，核酸，碳水化合物，脂肪和列機物等復(fù)雜化合物構(gòu)成的一種凝聚態(tài)介質(zhì)。該介質(zhì)在強微波場的作用下，溫度升高。其空間結(jié)構(gòu)發(fā)生變化或破壞，蛋白質(zhì)變性，影響其溶解度、粘度、膨脹性、穩(wěn)定性，從而失去生物活性。 微波非熱效應(yīng)殺菌機理的簡述是：微波作用能改變生物性排列聚合狀態(tài)及其運動規(guī)律，而且微波場感應(yīng)的離子流，會影響細(xì)胞膜附近的電荷分布，導(dǎo)致膜的屏障作用受到損傷，影響ＮＡ-Ｋ泵的功能，產(chǎn)生膜功能障礙，從而干擾或破壞細(xì)胞的正常新陳代謝功能，導(dǎo)致細(xì)菌生長抑制、停止或死亡。再則細(xì)胞中的核糖核酸（ＲＮＡ）和脫氧核糖核酸（ＤＮＡ）在微波場力作用下可導(dǎo)致氫鍵的松馳、斷裂或重組。誘發(fā)基因突變或染色體畸變，從而影響其生物活性的改變，延緩或中斷細(xì)胞的穩(wěn)定遺傳和增殖。
       簡單地說微波殺菌、保鮮是微波熱效應(yīng)和非熱效應(yīng)共同作用的結(jié)果。微波的熱效應(yīng)主要起快速升溫殺菌作用；而非熱效應(yīng)則使用微生物體內(nèi)蛋白質(zhì)和生理活性物質(zhì)發(fā)生變異，而喪失活力或死亡。因此，微波殺菌溫度低于常規(guī)方法，一般比較，常規(guī)方法殺菌溫度要在１００度以上，時間要在十幾分鐘至幾十分鐘，而微波殺菌溫度僅在７０至９０度，時間約為幾分鐘。